税务违法案件由谁处理

对违法事实比较清楚、情节轻微、数额较小，不需要组织调查定性的税收案件，不需要立案。而是由主办纳税人发现后，提出书面处理意见，上报领导和上级部门进行后处理。
对违法行为严重、情节恶劣、案情复杂、数额较大、涉及面广、影响较大，需要查处的案件，一律立案，由办案税务机关组成调查组进行核实，然后写出调查报告，报领导和上级税务机关批准，并按照税收征管法及其实施细则的有关规定进行处理。
税收违法行为情节符合检察机关受理偷税抗税案件标准的，由县(市)以上税务机关填写《税收案件移送表》，连同案件相关材料，书面移送检察机关处理。
对以暴力威胁、围攻、殴打、侮辱税务人员的案件，由县(市)以上税务机关填写税务案件移送单，书面移送公安机关或检察机关处理。情况紧急，可以先报案，再办理书面移交手续。