2,已经过了60天了是不是不能申请仲裁了,向法院起诉可以吗,3,如果立案,公司还能要求赔偿费吗？

在此先谢过各位大律师的鼎力相助！
我与公司鉴定了一份2004年7月13日至2007年7月13日的劳动合同，后来因外出培训又签了一份培训协议，约定培训结束后为公司服务6年，2007年6月13日我向公司交了辞职信，公司要求我赔偿6万，我无力赔偿，2007年7月13日我离开了公司，在此过程中公司没有给我办理各种离职手续，现在我回到了安徽，找了一个单位。问题：
1，我想把档案和保险之类的全部转过来，应该怎么办，和单位协商是不可能的了！
2，已经过了60天了是不是不能申请仲裁了，向法院起诉可以吗？
3，如果立案，公司还能要求赔偿费吗？我现在还是无力赔偿

合同如果没有约定违约金,你不承担责任.有约定按合同办.先仲裁.