这种情况怎么处理才好,望大家提供帮助,怎么处理这件事？

1、我是青岛的一名企业员工，2006年签定了5年的劳动合同，现在（2007年）打算辞职，但公司说必须交后4年没有履行合同的违约金40800元，但合同中没有次规定，合同中只是说辞职提前一周写申请。

2、签完合同后，公司把合同全部收走了，我们自己手中没有合同，如果公司又单方面加上有关违约金的条款，我该怎么办？

3、现在我的档案不在公司中，这种情况怎么处理才好？
   望大家提供帮助，怎么处理这件事？致谢！

单方加上有关条款你可以不认可，这些真正较真通过司法鉴定能够确定是原来的还是后添的。