但是公司按请事假算扣除伍佰多块钱,请问这合理吗？

你好，张达金律师：
我爸上班中出交通事故，事故造成肩膀脱旧，住院要加一块钢板在肩上，现已认定为工伤，要分俩次动手术，一次加钢板一次拆钢板，现已作完二次手术，不打算评残（可能评不上吧）。
问题一：住院费是不是能要求公司先出，住院期间向公司借了二仟块，其它自己出了，（目前共用了住院费一万三仟多，现已向社保局报销费用，目前还没有报销到）现在公司要我爸还那二仟块钱。这是否合理，可不可以拒绝先还。
问题二：第一次动手术是公司按全薪出工资，第二次手术住院加术前术后休养共请了21天假有医院出的证明。但是公司按请事假算扣除伍佰多块钱，请问这合理吗？如何拿回扣除的工资。
问题三：事故中我爸上班用的电动车损坏，还有住院期找人赔护交通费等怎么理个赔法。

一借钱先还也没有什么不妥，可以商量；二公司做法不对；三找肇事方赔偿。