后来签订的协议是否具有法律效益,如果不合法,协议无效,那么是违反了劳动法的哪些条例?

你好，李军律师：
2008年我与厂方签订的劳动合同写明达到上海最低工资标准的，但是厂方一直未付足，平时加班也无加班工资，后来因为公司要裁员，我们因为要继续做下去，只好又与公司签订了一个协议，内容大意是指原来未付足的工资一次性补给我们（协议的内的金额只有厂方拖欠我们未付足工资的一小半），我想请问厂方未按合同支付我们公司是否合法，后来签订的协议是否具有法律效益，如果不合法，协议无效，那么是违反了劳动法的哪些条例，谢谢！

未付足显然是违法的，可以要求支付。后面的协议要看具体内容。你可以主张要求公司按合同支付工资，标准不能低于最低工资。