这个时候按合同我得向公司支付36000元的违约金,也就是我没有工作的一年的工资,请问这样合理吗？

如果劳动合同里规定 签约三年，违约金是 剩余未赋行劳动合同时间的所有工资。例如：每月工资三千，如果我工作了两年辞职，这个时候按合同我得向公司支付36000元的违约金，也就是我没有工作的一年的工资，请问这样合理吗？

合同是双方当事人意志体现,是双方在平等自愿的基础上签订的。由于你和用人单位签订的劳动合同不违反法律的规定,是合法有效的合同。你在合同履行的期限内,单方解除劳动合同,你就要承担因提前解除合同而承担的责任。