法院在电话中说,让我们自己协调,因金额太小了,5、我和卖房者所签的合同是否有效？

前段时间买了一处二手房，房子是合同房。当时是通过中介买的，原合同上房主姓名是卖房者的儿子。 
由于没有经验，商谈时没有考虑到过户问题，在交房款时，卖房者才提出房子改合同有点麻烦，可能需要一定的费用，大约5000元。于是口头约定有我们买房的负责去改，费用是，我出2000，他出3000，于是就在给他的房款中直接扣除了他应付的3000元改合同的费用，这些是口头商议的，没有在买卖合同中体现，不过，有当时的中介作为证人。就这样，在他所给的卖房收据上，实收到房款比合同规定的房价少3000元。前天接到法院电话，说卖房的起诉我们，说是欠他3000元钱，请问这种情况该怎么办？至今房子合同未改。根据这种情况提出几个问题， 
1、这3000元钱我应该直接给他吗？如果给他的话，合同怎么办？ 
2、如果不给他，由于改合同费用的事属口同协议（合同上倒是写着过户费甲、乙双方承担，具体没说），现在被起诉是不是很不利？ 
3、法院通知被告人是以电话的形式通知吗？ 
4、我可以不理他们吗？ 法院在电话中说，让我们自己协调，因金额太小了。
5、我和卖房者所签的合同是否有效？甲方写的是原合同房主的姓名，也就是卖房者的儿子

给法官打电话，要立案通知，我估计是不是对方吓唬你，根本没有起诉。你的合同应该说还属于效力待定合同。