&?

你好；
我是医学院一名即将毕业的医学本科生，参加了今年01月19号的硕士研究生考试，当时感觉发挥不好 考不上了 考完后，在今年的2月25号与我们县的一所中蒙医院签了，《全国普通高等学校就业协议书》一式三份 都已确认生效。但研究生成绩出来后 我侥幸通过了！现在想继续读研。和中蒙医院协商过  可以不追究我违约的事（违约金18000元 在协议书备注栏标明的）但学校还要追究我违约的事 让我再向学校缴纳1000元违约金才放我大学期间档案  如不缴纳 就不我大学期间档案发到我签的那家医院所在地的人才交流市场！学校收的违约金是学校自己规定的！用来约束 控制我们违约！
律师，我想咨询一下 （1）这个协议书的地位！
                   （2）我和用人单位三方中的两方已意见一致了 学校的违约金必须缴纳吗？          

如果有协议，应该按照协议执行。