可我们那份没有章我们是不是也可以改,他们应该全给扣除吗,我那份在法律上有效吗？

   我是网通的的一名员工，2005年12月份跟网通签合同，一式两份，签合同时网通公司没有盖章只有我们签的字，当时人力资源部主任说无效，合同上说的很清楚合同期限2年，如果离职违约今2000元，如果期满一年按50%扣。
    今年我10月份辞职。去办理手续主任说我们有补助金每年780，2005-2007年共2340元。他们说我违约2340元全扣除，我问他们合同没有章不是无效吗？那个主任说盖上章就有效，可我们那份没有章我们是不是也可以改？他们应该全给扣除吗？我那份在法律上有效吗？麻烦好心的律师帮帮我。谢谢。

申请劳动仲裁