直接认定这部分钱是学校给我的课时减免,请问：这种课时补贴是否合理,如果合理,我是否要归还学校？

律师，您好！
我04年进入上海一所高校任教，一年后考取博士，06年9月考虑到学业繁重且对该高校许多做法不满意，提出辞职，学校多次挽留，我退而求其次，申请停薪留职，校长在我写的报告上签字同意，在同意的字样背后，说明“停薪留职期间四金由我个人负担”。我没有提出异议，但对学校扣留我近万元的课时费提出质疑，当时学校给的答复是这笔钱用来支付四金。
现学校将我除名，提出让我支付近2万元的费用，包括一年半的四金费用（个人和单位部分全由我支付）、读博4500元科研赞助费、鼓励读博的课时补贴，并通过我现在就读的学校向我施加压力。
请问：
1、在没有办理停职留薪手续的前提下，四金费用是否应该由我个人完全承担？
2、学校将我的课时费扣押，作为四金费用的做法是否合法？
3、为鼓励教师读博，学校规定博士一年级可补贴课时3课时，二年级补贴2课时，可后来计算时，他们提出实际帮我支付的是一年级4课时，二年级5课时，实际情况是：他们不予承认我上的部分课时，直接认定这部分钱是学校给我的课时减免，请问：这种课时补贴是否合理，如果合理，我是否要归还学校？
4、在与学校签订的劳动合同上，说明每月有800元房贴，五年发放一次，但是随着

劳动合同中止履行,期间,单位可以不缴纳四金,或者由本人自行承担.课时费\房帖按规定办理.