我们这样是属于黑公司吗,是违法的吗,拆迁公司可以用这个理由拒绝赔偿吗？

因为公司注册地址和办公地址不是同一个地方，但都在厦门岛内而且同一区，拆迁公司说不赔的原因是说我们现在的办公地点没有注册，告上去我们就属于黑公司，请问我们这样是属于黑公司吗？是违法的吗？拆迁公司可以用这个理由拒绝赔偿吗？

不可以，你们只要在工商局注册登记，就不是黑公司，法律上是允许注册地和经营地不一致的，即使没有登记经营地，但也只是由工商部门根据相关规定进行行政处罚，和赔偿没有关系。