但处罚的尺度都不一样,那么哪一条适用于劳动仲裁,申请劳动仲裁跟向劳动行政部门投诉有什么区别？

《劳动保障监察条例》第二十六条 、《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条，《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条，《中华人民共和国劳动法》第九十一条都有对克扣工资的处罚，但处罚的尺度都不一样，那么哪一条适用于劳动仲裁？申请劳动仲裁跟向劳动行政部门投诉有什么区别？

从法律位次上将《中华人民共和国劳动法》的地位最高，应当适用《劳动法》。