申请时限应从何时算起,认定需要什么材料和证明, 如超过申请认定时限,该怎么办？

我父亲患慢性支气管炎、肺气肿多年，因工作繁忙，长年在外出差，未得到及时治疗，病情未得到很好控制。2004年冬在靖州出差，因环境恶劣，工作劳累，致旧病复发，因工作原因，无法及时治疗；2005年在溆浦火车站搞春运工作时，又被当地旅客殴打在地，也因工作原因没到医院就诊（因父亲怕家人担心从未提及此事，事后2年才在他同事口中得知）；2005年4月到衡阳参加工作组，2005年6月因身体不适在当地医院就诊，父亲想好好休假治疗一下，在门诊输液治疗时，吊针刚上，单位上级领导要求捍守工作岗位，任何人不得休假，父亲拔下针头赶往工作地，治疗不得不中断。2006年在张家界火车站搞春运工作时感昌一直未好，导致肺部感染正在医院门诊输液时，接到单位命令，不得不又中断治疗，赶去工作。2006年5月为了工作更是抱病一天之内颠簸在崎岖的公路上10多个小时，5月22日工作完后，身体实在支撑不住了，5月23日第一次住进了医院。因患病时间过长，未得到及时治疗，自身抵抗力也日益下降，最终医治无效，于8月22日去世。
请问能否认定为工伤？申请时限应从何时算起？认定需要什么材料和证明？ 如超过申请认定时限，该怎么办？ 

根据你介绍的情况,定为工伤很困难