现在要辞职了,说这个合同是无效的是不是有点晚了,单位如果说那时我没有说就是默认了,我怎么说？

我去年毕业和杭州一家研究所签订劳动合同，刚开始说和我签一年，等我把字签过后，他们说要拿到劳动局的过程中给我改成三年，改的时候只是给我说了一下，在我还没有明确的回答，他们就给改了，我现在手里的合同是改过的，当时我没有去提出这件事，现在要辞职了，说这个合同是无效的是不是有点晚了？单位如果说那时我没有说就是默认了？我怎么说？
我进单位时有出去被培训了一个月，我们合同里有规定违约金的问题，标准为每服务一年递减实际培训费的5%，我想问我们现在签的合同是否有效，因为我认为签三年不是我自己签的，单位把我们合同的一年改成三年，如果合同有效，那么我们应付多少违约金，我的培训费为三千元。

如果你不能举证是公司单方面进行修改,双方的合同是有效的,应当按照合同约定来承担相应的违约责任.