拿出档案后再去打官司,要求退还,如果可以,办理辞职时,我需要注意什么？

我在西安一研究所上班4年多，最近辞职。和单位有5年的合同，单位要求赔偿违约金，并要全退当时入所时匹配的安家费3万元。我认为安家费不应全退，因为只剩不到一年了。但我现在急于拿出档案，要打官司时间太长，请问，是否可以按他们要求把钱交完，拿出档案后再去打官司，要求退还？如果可以，办理辞职时，我需要注意什么？谢谢！

这样做不妥，如果你支付了，视为你同意。