两年来也未给我上保险,请问这种情况我如何申请劳动仲裁？

我在2005年辞职（合同3月后到期），因我对单位要我缴纳的违约金有异议，在我不交违约金的情况下单位扣留我的档案及保险关系，两年来也未给我上保险，请问这种情况我如何申请劳动仲裁？

可以要求单位转移档案，并补交保险。这是单位的义务。至于你是否违反约定，单位也可以提起仲裁，这是两回事。