我该怎么保护自己,是退信还是正式答复,签收快件但对内容不回答算是对债权的默认吗？

各位大法律专家们：

    我与一公司做一买卖，2002年双方在结帐时，我已向该公司说明了运费发票不合理，有的是行政收据，我拒绝付该部分，当时结帐时货款和其他铁路大票运费全部付清。2006年突然来一封特快专递，催要款。2002-2006之间从未来电话和信件催要。这部分运费合理与不合理也超过诉讼时效了，我该怎么保护自己？是退信还是正式答复。签收快件但对内容不回答算是对债权的默认吗？现请教各位专家出出注意，谢谢各位！急盼！

想给就给，不想给对方很可能也拿你没辙了！