但员工加班却从未发过加班费,请问这种行为劳动保障部门可以制止以维护员工利益吗？

律师您好！
我是在一家英语培训机构从事教学活动的老师，于2008年5月底与单位签订了两年期的合同，现在还不到一年。由于极度不满单位的待遇及苛行，我想离职。
1、在入职之初，单位分三个月从我们的工资里扣除了共1000元的押金，给我们开的收据上写的是“培训费”。请问此单位这一行为从《劳动法》角度来讲是合法的吗？
2、我担心我离职后单位不会返还我这1000元“培训费”。我可以提请劳动仲裁帮助处理此事帮我拿回这笔费用吗？
3、单位自行制定的规章制度中规定员工请事假按三倍工资扣除。比如请半天假则要扣除一天半的工资。但员工加班却从未发过加班费。请问这种行为劳动保障部门可以制止以维护员工利益吗？

劳动合同法规定:合同未到期,单位可以按工作的实际期限收取一定的培训费;可以对此申请仲裁