请律师指教：我怎么做才能讨回这笔工资,我应要求什么诉讼请求才能更好的保护我的权益？

我在一家快递公司工作。为公司承览业务是公司要求的，因为我们经常在外跑，接触很多客户。经我联系公司与某一客户签订一个快件代理协议，现在由于某一快件，客户与我公司发生争议，拒绝承担这一费用。我也经多方努力也没达成共识。现在由于公司原因公司不做快件业务了，也与我们解除了合同，但是公司让我从工资中补偿这部分款项，理由是这业务是我做的，领了提成奖，我认为是公司与公司间签的合同，不应我承担对方的运费，而公司呢又嫌此款项太少，不想走法律程序。而我又没有资格与对方走法律程序讨回此款。但是如果我不同意。公司就扣押我的补偿金和最后一个月工资不给。没办法，我只好垫付此款领取到我应得的补偿金和最后一个月工资。
请律师指教：我怎么做才能讨回这笔工资？我应要求什么诉讼请求才能更好的保护我的权益？

公司扣你工资没有道理，可以就公司让你垫付的款项要求公司补偿，协商不成，申请仲裁。