现在单位要向他索赔,请问,单位应该提起民事赔偿,还是劳动仲裁,法律依据是什么？

各位律师：
我单位一保管员，未经单位同意，擅自辞职，离开单位，也没把仓库门钥匙交出来。事后经过盘点，仓库丢失了价值数万元的财产。现在单位要向他索赔，请问，单位应该提起民事赔偿，还是劳动仲裁？法律依据是什么？

需有证据证明该财产系该员工私下拿走。