公司将协议上的奖金给我扣下了,说要抵做房费,不知道他们这么做是合法的么,我要怎么办呢？

各位律师：
我在一家公司实习，现在公司让我们每月交纳200元住宿费，可是我们的签的协议上并没有写着让交，只需要交纳实习住宿期间的水电费，请问房费我需要给她交么？
之前曾经说过让交，但是后来签的协议上写着呢，协议之前的任何书面或口头协议无效。我现在很郁闷啊！
我到底要交么？ 
还有，公司将协议上的奖金给我扣下了，说要抵做房费，不知道他们这么做是合法的么？
我要怎么办呢？

一切按劳动合同上的约定承担责任，协商不成的须申请劳动仲裁。