现在我可否可以以工资没及时足额发放、我的休息权利受到侵害等方面来保护我自己的基本权益？

    您好！
    我是07年8月底辞职的，当时公司不同意就直接走人了，现在考取了研究生来调档，公司又说我跟公司的劳动合同当时就已经解除，要我交约定的5000违约金才肯给档案，但医疗保险又给我扣到了2007年12月。2007年8月我走的时候，公司欠发我2007年6、7、8三月的工资，现在还没有拿到，其中光医疗保险这一块就多从其中扣了300多元。我是在一个施工企业，没有周末，也没有假期，工作了14个月，包括过年都没有放过一天假，现在我可否可以以工资没及时足额发放、我的休息权利受到侵害等方面来保护我自己的基本权益？
    谢谢！

可以，最好先协商处理。