那么该公司的员工应如何维护自己的合法权益（是通过该公司所在地的劳动部门还是通过办事处所在地的劳动部?

请问外地公司在东莞设立办事处是否需要在东莞的工商部门注册或登记？
如果该公司在东莞办事处的员工与该公司发生劳动纠纷，那么该公司的员工应如何维护自己的合法权益（是通过该公司所在地的劳动部门还是通过办事处所在地的劳动部门来维护自己的合法权益）？

设立办事处当然需要在当地工商部门注册或登记，如果发生纠纷，可以在办事处所在地的劳动部门处理。