进料加工转手册的纳税申报及会计处理

问题内容：我司是新办外商投资生产型企业，贸易方式为进料加工及进料深加工（见图示）。
　　进口料件（进料加工，手册A）→初级产品甲→深加工成产品乙（手册B）→出口。
　　在深加工成产品乙领用初级产品甲时（即手册A转手册B时），海关形成形势报关出口报关单和进口报关单（同一公司，同时间、同物品、同重量和金额等）。主管税务机关要求我司纳税申报体现初级产品甲的外销收入，同时作进口料件甲进口；终端产品乙出口时按正常进料加工出口处理。
　　我司认为：1，终端产品乙出口时按正常进料加工出口处理外销收入无异议，但终端产品乙领用初级产品甲时，相当于企业内部下一道深加工工序从上道工序领料，实际并不构成真正的出口和进口，不应体现为收入（尽管是免税）和采购。
　　2，该方式不符和会计上收入确认准则和税务上的“视同销售”定义；
　　3，对企业整体而言，在会计收入和纳税申报收入量方面重复计算。
　　基于此，我司认为不妥。
　　特咨询贵局，对“同一公司内进料加工初级产品转深加工（手册A转手册B）”在纳税申报和收入确认上该如何处理
　　答复：你所反映的“同一公司内进料加工初级产品转深加工（手册A转手册B）”情况，不能视同按外商投资企业间的深加工结转货物的实行免税管理，对你司终端产品出口可按规定申报办理“免抵退”税。以上意见供参考，详情请向当地主管税务部门咨询。