又不知到哪儿追那个款呢,我自己认为,应该承担法律责任是总公司的老总,老总来承担这一切,对吗？

我的弟弟早在2003年一个乡政府基建上，用车子拉砂子等工作，共创收了4万来元（包括4000元民工工资）。工程没结束之前，项目负责人被跑了。后来，公司又派来另外一个项目负责人。2006年4月份，新派来的项目负责人把原来的单子都拿到公安厅签定，回来以后，认了这比旧账。
2006年10月12日，工程完工以后，新派来的项目负责人来到项目区地方财政结帐。当时，以付民工工资等为由，没付这个款。但经双方共同协商后，总公司开了个证明（可以讲保证书），内容是：＊＊＊运费在＊＊工程保证金中扣除，付款时间2006年12月15日左右。
按照合同保证金领取时间2007年8月15日。新派来的项目负责人9月1日来到地方财政，领取了保证金，又没通知给我弟弟。我弟知道此事以后，去追那个人，但追到以后，事情又全变了，说是保证金部分，公司给早已扣了，所以不能付这个款，这比账到总公司去算。把以前开的证明，全被泡汤了。
我想问一下：总公司与新派来的项目负责人之间应该有劳动合同吧。但我询问那个新派来的项目负责人，他总是回答的不明不白的。又不知到哪儿追那个款呢？
我自己认为，应该承担法律责任是总公司的老总，老总来承担这一切，对吗？请教各位，应该通过什么传经途径

申请劳动仲裁.