同时要求原单位赔偿这3年因扣留个人保险关系而导致无法上养老保险的损失或补缴保险,是否可行？

2004年7月，我与一国企签定为期6年的劳动合同，其中试用期1年，没约定工作职责和劳动报酬，同时另签一份大学生服务协议，此协议规定：我必须为此公司服务6年以上，如因个人原因离职，需提前一个月提交书面辞职申请，并同时缴纳违约金6万，服务期每满1年递减1万。
因为单位效益太差，2004年10月我提交辞职书，厂长在辞职书上写“按照协议处理”，并要求我写上“本人同意按协议处理”，否则不予离职，我照做，第二天起就不再上班。之后我多次提出转移档案和保险关系，单位要求支付5万违约金。由于我在原单位的月工资都在1000左右，无力承担巨额违约金，单位以此为由扣押我的保险关系和档案。
请问：
1、我已离职两年多了，是否已超过诉讼时效，单位还有权向我追索违约金吗？
2、此劳动合同和协议是否有效？协议中约定的巨额违约金，是否显示公平原则，属于无效条款？
3、经多次与原单位协商，原单位同意最低1.8万违约金，但我仍觉得高，如果通过仲裁是否能低些？
4、如果我想通过仲裁申请转出档案和保险关系，同时要求原单位赔偿这3年因扣留个人保险关系而导致无法上养老保险的损失或补缴保险，是否可行？
非常感谢您！

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