但工商部门以案件为了解为由拒绝变更,请问我公司该如何处理?

    06年8月我公司因商标侵权纠纷被工商部门巨额处罚，并在工商部门主持下调解并赔款。调解完成工商部门即时将封存商品解封。后我公司不服，上诉法院一审胜诉，二审败诉。今年年初工商部门又以曾封存商品未收缴为由，冻结帐户要追缴罚款，后经地方法院裁决不予支持并解冻。  
    我公司现准备变更法人代表，但工商部门以案件为了解为由拒绝变更，请问我公司该如何处理。

书面提出，用特快邮寄，如果不批准，理由又不合法，可以申请行政复议，提起行政诉讼。