如有不合理之处,职工如何维护自己的合法权益？

病假两个月，企业应该如何支付职工的工资及奖金，病假期的两个月奖金已经被扣除后，以后在发放每一笔奖金时是不是都要扣除请假期间的奖金？（比如说日后发放的年终奖金等等）企业是不是只能参照执行中华人民共和国劳动法？如果是特殊病种(癌症)是不是可以100%的发放工资及奖金？如有不合理之处，职工如何维护自己的合法权益？

扣除奖金应当属于合理。至于其它问题。需要看用人单位的和谐工程的情况和企业内部的管理制度而定。