这样的备案登记有效吗,如果无效,应如何操作才能保障我单位的权益呢？

我所在单位的一个营业门市（是１９９３年购买的）因要拆迁，因此与拆迁开发商签订了一份产权调换的拆迁补偿协议，协议约定在明年五月底新商住楼竣工后，以相应位置的一间门市补偿给我的单位，并约定该份拆迁协议自双方到房产和土地部门办理备案登记后生效，
我所在单位与开发商，先是到市房管局拆迁管理办公室，交协议正本交付给拆迁办公室的领导，但其领导收妥协议后，不同意出具相应的签章证明，以证明我单位已在房产部门办理了备案登记．后到土地局．地籍科的领导说由于现在还未拆迁，新商住楼也未建设，开发商也未申请土地证的办证事宜，所以无法受理这个协议的备案登记事宜，只是要我单位在明年开发商交付房屋后，就直接持该协议到土地部门申领土地证就行了．
上述这两种情况，好像未履行完毕协议约定的＂自双方到房产和土地部门办理备案登记后生效＂，而且房产部门只留下协议，未出具证明，所谓无凭无据，一旦明年因产权产生纠纷，而房产与土地部门均推托责任的话，对我单位就会造成很大的影响，．
请各位律师就上述问题发表意见，这样的备案登记有效吗，如果无效，应如何操作才能保障我单位的权益呢？
盼复！谢谢！

我个人认为:应以合同的约定为准。只要合同的约定不违反法律法规禁止性规定的或损害国家、集体、第三人的合法利益或合法形式掩盖非法目的等（《合同法》５２条）就属于有效的合同。见于以上情况该合同明确约定了合同的生效时间，当然要以合同约定的为准。建议：尽量按合同约定的条款行事，即办理备案手续。