进化树 | 给定列表,从一棵大树上抽出你要的小树

进化树 | 给定列表,从一棵大树上抽出你要的小树,第1张

前几天,有一个合作课题的朋友临时提到,现在咱们几百个样品有一个,但是我只想看其中30个样品的树,怎么办?尤其是,他正好有只有这 30 个样品的一些数值矩阵云云。
当然,最简单的做法就是直接从一棵几百个Taxon的进化树里面,抽取出这30个样品的演化关系。说起来简单,做起来就比较复杂。我简单检索了,似乎并无合适实现。其中基本也全是,你用python某软件云云,或者用R的什么包,而且也写得不太清楚,用起来很不方便。当然,我尝试了用chatGPT或者openAI,并无解决问题。Emmm....尽管我做过一些分析,python R 也不至于完全不会,但是这么一个小事,你就要骗我去学一个包,学一个模块的API?不接受。
不接受,那就只自己写。于是 TBtools 终于有了一个新功能。

进化树 | 给定列表,从一棵大树上抽出你要的小树,第2张

使用简单,直接输入一个大树,给一下你需要的子集ID列表,点击 Start 就可以看到一个小树。

进化树 | 给定列表,从一棵大树上抽出你要的小树,第3张

是不是觉得很实用?

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