公司以违法经营为目的扣押员工合法财产作为充抵短款合法吗,如何起诉公司这一违法行为？

各位律师：
某正规的药品零售公司下属的一家超市门店，其营业电脑软件不经过税务机关注册登记，公司令当班营业员把一部分营业现金收入存入公司财务银行帐户，另一部分存入公司老总私人帐户，由于这样经营方式使电脑营业额总数多、而存钱总数少的现象，公司这样经营造成的短款，并且在没有证据证明员工有犯罪行为情况下，员工需要负赔偿短款的法律责任吗？公司违法经营造成的损失要员工赔偿的行为合法吗？公司以违法经营为目的扣押员工合法财产作为充抵短款合法吗？如何起诉公司这一违法行为？

公司有证据证明员工违法经营吗？经营的主体是公司而不是员工，公司无权扣押员工的合法财产，可以通过劳动仲裁的方式维权