现在我们比较担心,如果我们垫了这笔钱,员工会不会说我们没有帮他买保险,又把我们告到劳动局？

各位律师，大家好！
事情是这样的：我是我们厂新负责员工福利的。最近我们厂里有位员工出了工伤，老板帮他垫缴了医疗费。另外，我们厂是有买社保的，而且公司当时还购买了商业雇主责任险。现在问题是：
1。当时在帮员工购买工伤保险的时候，老板是给他按1000元的工资申报的，但如果加上加班费，奖金等杂项，该员工的工资是2000以上。如果员工致残了，社保的工伤是按1000元的标准赔吗？
2。听说其他的工厂出现类似情况的时候，工人得了老板的赔偿后，又把老板告到劳动局，理由是老板没有帮他们购买工伤保险，好像最后老板都是要额外再赔一笔钱的。但其实老板是想通过保险公司的雇主责任险来解决这个问题的，也就是说老板先垫钱，再从保险公司拿补偿。但我看了我们公司的保险合同，上面的确没有说是为员工买的保险。现在我们比较担心，如果我们垫了这笔钱，员工会不会说我们没有帮他买保险，又把我们告到劳动局？
其实我们厂一直都很担心这些问题，所以才买了额外的保险。但一直没有发生什么严重的工伤，所以平时也没有去咨询过。现在老板要我去了解这个问题，我不知道是怎么处理的。请各位帮忙解答一下，非常感谢！

一、社保的工伤支付标准与当地上年度职工平均工资相关，与个人实际工资无关；
二、有这种可能，社保金是强制的而雇主责任险是商业保险；
三、聘请律师，寻求合理方案。