因为怕会计划矛盾,如果以后发生争议的话,这份辞职申请是否会对我产生不利的影响？

各位律师：
我是07年应届硕士研究生，学校是北京的，我是外地人。我在与公司签订劳动合同前，与公司签了一份劳动协议，协议上说，因为公司要为我办理外地生源毕业生接收手续等，所以规定了5万的违约金，后来签订的劳动合同上没有这一条款，但是人事经理说，签订了合同后那份协议仍然有效。是真的吗？
公司现在已拖欠了3个月的工资，迫于生计我今天提交了辞职申请。
我的辞职申请用于比较委婉，只说了“由于交通问题和家庭经济压力儿提出辞职”，因为怕会计划矛盾。如果以后发生争议的话，这份辞职申请是否会对我产生不利的影响？

你好!如公司拖欠你的工资,你可以提出辞职,并要求公司给予经济补偿,不用承担违约金!北京律师祝永根电话:13141427548QQ:422829278