这样合理吗？

各位律师：
我去年的5月向原公司部门主管提出辞职，未得到同意，8月我提交辞职书并离职，现在要回员工办理相关手续发现部门主管扣留了我的辞职书并且想人力资源部汇报我是旷工，现在人力资源部要把处分计入我的人事档案并且要我交2000元违约金才给予办理各项相关手续，这样合理吗？

你好，协商不成想办法收集相关证据，然后到法院起诉，只要符合起诉条件法院就可以受理。《民事诉讼法》第一百一十九条 起诉必须符合下列条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
(二)有明确的被告；
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由；
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。如果不懂程序上的问题，可以委托我们专业律师代理，帮您争取最大利益。若需法律帮助，建议加微信详细解答。