另外,我现在提请劳动争议仲裁是不是在时限上已经不允许了,如果是,我该怎么维护自己的合法权益？

我跟公司06年签的劳动合同，09年12月31日终止，因对工作不满，我于07年10月从公司辞职，我所在的分公司各部门都签字同意，但集团公司人力资源部不同意，要求依据劳动合同规定按辞职前6个月平均工资的一半乘以合同还未完成月数算出违约金2万元，说只有我交了违约金才给我办理其他手续，而我在公司没有接受过专门的培训，也没有违反竞业限制条款，请问他们的合同所要求违约金是否合法，以档案要挟是否合法？
另外，我现在提请劳动争议仲裁是不是在时限上已经不允许了，如果是，我该怎么维护自己的合法权益？

他们的合同所要求违约金按当时的法律是合法的。